เช่นเดียวกับเทคโนโลยีนวัตกรรมอื่น ๆ มีความกลัวว่าชีววิทยาสังเคราะห์อาจถูกนำมาใช้เพื่อวัตถุประสงค์ทางทหารและการโจมตีของผู้ก่อการร้าย ตัวอย่างเช่น หากเชื้อโรคเทียมที่มีการติดเชื้อสูงและเป็นพิษได้รับการพัฒนา อาจตกไปอยู่ในมือคนผิดได้ในการประชุม ชีวิตประดิษฐ์ วิชาการและการประชุมวิจัยระดับนานาชาติ ผู้เชี่ยวชาญได้เริ่มหารือเกี่ยวกับนโยบายและมาตรการด้านความปลอดภัยทางชีวภาพที่มุ่งป้องกันสถานการณ์ดังกล่าวแล้ว ความท้าทายเฉพาะของชีววิทยาสังเคราะห์ยังคงต้องได้รับการตรวจสอบตามกฎหมายและจรรยาบรรณปัจจุบันเมื่อเดือนตุลาคมที่ผ่านมา ประเทศต่างๆ ที่เข้าร่วมการประชุมครั้งที่ 12 ของการประชุมภาคีอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพแห่งสหประชาชาติตกลงที่จะประเมินความเสี่ยงที่เทคโนโลยีนี้ก่อให้เกิดต่อระบบนิเวศ