มีอวัยวะสืบพันธุ์เพศผู้และเพศเมียในดอกเดียวกัน การผสมเกสรเกิดจากแมลงและนกช่วย กระท้อนมักจะเริ่มให้ดอกหลังจากห้าถึงเจ็ดปี แต่ต้นไม้ที่ขยายพันธุ์ด้วยการโคลนนิ่งอาจออกดอกได้เร็วถึงสามถึงสี่ปี ต้นไม้ให้ผลที่กินได้ซึ่งเป็นที่นิยมในบางส่วนของเขตร้อน เป็นผลไม้ทรงกลมที่มีขนาด 4-6 เซนติเมตร เมื่อสุกจะเปลี่ยนจากสีเขียวเป็นสีส้มอมเหลือง และมีรสหวานอมเปรี้ยว กระท้อน ภายในผลมีเมล็ดล้อมรอบด้วยเนื้อโปร่งแสงหรือสีซีด มีรสเปรี้ยว กินได้ มีรสดี เนื้อสัมผัสนุ่มคล้ายสำลี การสุกแก่ของผลไม้ใช้เวลาประมาณห้าเดือน และผลสุกของฟิลิปปินส์อยู่ในช่วงเดือนมิถุนายนถึงตุลาคม